RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485450.5

USP4-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2

Gene USP4, Length 3,541 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-211ENST00000485450 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP9.66□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 PDIA6Q15084 440 aa9.66□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 EZH2Q15910 746 aaKnown RBP9.66□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 PPP4R3BQ5MIZ7 849 aa9.66□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 TPM2P07951 284 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 SIK1P57059 783 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 ZNF827Q17R98 1081 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 RGS22Q8NE09 1264 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 DUOX1Q9NRD9 1551 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 SLC16A10Q8TF71 515 aa9.65□□□□□ -0.86
USP4-211ENST00000485450 ASAP1Q9ULH1 1129 aa9.65□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 XRCC6P12956 609 aaKnown RBP eCLIP9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 GIGYF1O75420 1035 aaPredicted RBP9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 SLC15A2Q16348 729 aa9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 NFATC2IPQ8NCF5 419 aa9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 FLAD1Q8NFF5 587 aa9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 PANK2Q9BZ23 570 aa9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa9.64□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 EIF5P55010 431 aaKnown RBP9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 FSD2A1L4K1 749 aa9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 RPS6KA4O75676 772 aa9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 APBA3O96018 575 aa9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 CABP4P57796 275 aa9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 PRDM10Q9NQV6 1147 aa9.63□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP9.62□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 PTGER2P43116 358 aa9.62□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 ZNF428Q96B54 188 aa9.62□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP9.62□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 IL6STP40189 918 aaPredicted RBP9.62□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 AMIGO3Q86WK7 504 aa9.62□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 FMNL2Q96PY5 1086 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 LAMB1P07942 1786 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 SBF1O95248 1867 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 ZBTB7CA1YPR0 619 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 EN1Q05925 392 aaPredicted RBP9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 KLRG2A4D1S0 409 aaPredicted RBP9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 GNAI1P63096 354 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 SLFN5Q08AF3 891 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 FAM182BQ5T319 152 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP9.61□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 ZNF496Q96IT1 587 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 TM4SF1P30408 202 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 FAM161AQ3B820 660 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 MCM10Q7L590 875 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 MBIPQ9NS73 344 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 RCAN3Q9UKA8 241 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 BTBD11A6QL63 1104 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 ERVV-1B6SEH8 477 aa9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 SNRPA1P09661 255 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 APAF1O14727 1248 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 C8orf34Q49A92 452 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 TIAM2Q8IVF5 1701 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 DEFB132Q7Z7B7 95 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 ACSBG1Q96GR2 724 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 BCL2L12Q9HB09 334 aa9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP4-211ENST00000485450 NBPF26B4DH59 902 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CRKLP46109 303 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 NBPF14Q5TI25 921 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 NBPF10Q6P3W6 841 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CLEC4GQ6UXB4 293 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 NBPF15Q8N660 670 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 ESPNB1AK53 854 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 KCNQ3O43525 872 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CCDC87Q9NVE4 849 aa9.58□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 DUSP27Q5VZP5 1158 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 COL4A1P02462 1669 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CAMTA2O94983 1202 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 KDM2BQ8NHM5 1336 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 MMP14P50281 582 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 NARFQ9UHQ1 456 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 KAT6BQ8WYB5 2073 aa9.57□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 SKAP1Q86WV1 359 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 BCCIPQ9P287 314 aaKnown RBP eCLIP9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 ZNF609O15014 1411 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CHD4Q14839 1912 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 UTYO14607 1347 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CACNA1SQ13698 1873 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 A0A087WZG4 1122 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 E9PSI1 815 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 MTFR1LQ9H019 292 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 ALDH1L2Q3SY69 923 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 CNPY4Q8N129 248 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 RTL9Q8NET4 1388 aa9.56□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 ADAMTSL1Q8N6G6 1762 aa9.55□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 MAP7D2Q96T17 732 aa9.55□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 VAMP4O75379 141 aa9.55□□□□□ -0.88
USP4-211ENST00000485450 PSEN1P49768 467 aa9.55□□□□□ -0.88
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