RNA–Protein interactions for RNA: YDR416W

SYF1, Transcript of Member of the NineTeen Complex (NTC), yeast

Gene SYF1, Length 2,580 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SYF1	YDR416W	PAC1	P39946	494 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	YRF1-1	P0CX20	1796 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	YRF1-5	P0CX21	1796 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	YRF1-8	P0CX22	1796 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	UFD4	P33202	1483 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	HOM3	P10869	527 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	PRP5	P21372	849 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	MCM10	P32354	571 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	GCD11	P32481	527 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	LYP1	P32487	611 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	UTR2	P32623	467 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	LDH1	P38139	375 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	BNA1	P47096	177 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	RSC1	P53236	928 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.79	□□□□□ -1.64	not detected
SYF1	YDR416W	YLR225C	Q05948	407 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	YLR352W	Q06479	807 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	NEW1	Q08972	1196 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	MSB4	Q12317	492 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	MST1	P07236	462 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	MCM1	P11746	286 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	MID1	P41821	548 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	VTC2	P43585	828 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	NMA111	P53920	997 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	SNP1	Q00916	300 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	SYH1	Q02875	849 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	IMH1	Q06704	911 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	MSN1	P22148	382 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	KCC4	P25389	1037 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	CHS3	P29465	1165 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	TPD3	P31383	635 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	AMN1	P38285	549 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	APE4	P38821	490 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	DSS1	P39112	969 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	FIR1	P40020	876 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	TMA108	P40462	946 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	DUG1	P43616	481 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	LCB5	Q06147	687 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	YDR056C	Q12025	205 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYF1	YDR416W	URA1	P28272	314 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	RER2	P35196	286 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	GPP2	P40106	250 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	SUM1	P46676	1062 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	NUT1	P53114	1132 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	MON1	P53129	644 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HEH2	Q03281	663 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	YPQ2	Q06328	317 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	TY2B-B	Q12491	1770 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HSP82	P02829	709 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	VBA3	P25594	458 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	MRF1	P30775	413 aa	Predicted RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	PES4	P39684	611 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HXT13	P39924	564 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HXT17	P53631	564 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HXT15	P54854	567 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	CTR9	P89105	1077 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	ISU1	Q03020	165 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	OPY2	Q06810	360 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	KTR4	P38131	464 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	DYS1	P38791	387 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	RVS167	P39743	482 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HIS6	P40545	261 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	ELP4	Q02884	456 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	PUS1	Q12211	544 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HBN1	Q96VH4	193 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	AEP2	P22136	580 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	GSY1	P23337	708 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	NUP120	P35729	1037 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	TBS1	P38114	1094 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	CCC2	P38995	1004 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	ACA1	P39970	489 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	DOT6	P40059	670 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	NIT2	P47016	307 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HOL1	P53389	586 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HDA2	Q06629	674 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	UTP4	Q06679	776 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	COB	P00163	385 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	CYB2	P00175	591 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	PEX5	P35056	612 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	YKL050C	P35736	922 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	APM2	P38700	605 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HOS2	P53096	452 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	RCF1	Q03713	159 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	MSH6	Q03834	1242 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	IRC3	Q06683	689 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	CLF1	Q12309	687 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	NTE1	Q04958	1679 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	TOP3	P13099	656 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	SEC23	P15303	768 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	ANP1	P32629	500 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	CNN1	P43618	361 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	TAN1	P53072	289 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	MET13	P53128	600 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	SIW14	P53965	281 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	VPS30	Q02948	557 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	SDH5	Q08230	162 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	DRS2	P39524	1355 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	DAT1	P13483	248 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SYF1	YDR416W	HBS1	P32769	611 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65

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