RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555557.5

SRP54-208, Transcript of signal recognition particle 54, human

TSL 2 BASIC

Gene SRP54, Length 1,949 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SRP54-208	ENST00000555557		A0A0G2JS52	829 aa		13.18	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	VAMP4	O75379	141 aa		13.18	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	13.18	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	LRRC37A3	O60309	1634 aa		13.18	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	CABP4	P57796	275 aa		13.17	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	SLC39A6	Q13433	755 aa		13.17	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		13.17	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	13.17	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	FKBP8	Q14318	412 aa		13.16	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		13.16	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		13.16	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		13.15	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	TNS2	Q63HR2	1409 aa		13.15	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	13.15	□□□□□ -0.3
SRP54-208	ENST00000555557	ATRN	O75882	1429 aa		13.14	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		13.14	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		13.14	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	NEFL	P07196	543 aa		13.14	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	13.14	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		13.14	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ZNF790	Q6PG37	636 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	13.13	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	NECTIN2	Q92692	538 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	GLI3	P10071	1580 aa		13.13	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		13.12	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		13.12	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	FAM182B	Q5T319	152 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	PIGB	Q92521	554 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	MRC1	P22897	1456 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ALDH1L2	Q3SY69	923 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	TNN	Q9UQP3	1299 aa		13.11	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ZNF428	Q96B54	188 aa		13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	13.1	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		13.09	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		13.09	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		13.08	□□□□□ -0.31
SRP54-208	ENST00000555557	KCNQ2	O43526	872 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	SLC4A2	P04920	1241 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		13.08	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	ATG3	Q9NT62	314 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PANK1	Q8TE04	598 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		13.07	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	BCL9	O00512	1426 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	RLBP1	P12271	317 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	13.06	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	USP16	Q9Y5T5	823 aa		13.06	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	HOXB7	P09629	217 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	TRIM27	P14373	513 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	G2E3	Q7L622	706 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	CRBN	Q96SW2	442 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	STK31	Q9BXU1	1019 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	ANXA1	P04083	346 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	KIF16B	Q96L93	1317 aa		13.05	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	13.04	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	RXRB	P28702	533 aa		13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	COG6	Q9Y2V7	657 aa		13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PDE3A	Q14432	1141 aa		13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PROSER3	Q2NL68	480 aa		13.03	□□□□□ -0.32
SRP54-208	ENST00000555557	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	13.03	□□□□□ -0.32

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