RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555542.5

PRKCH-216, Transcript of protein kinase C eta, human

TSL 4

Gene PRKCH, Length 521 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PRKCH-216	ENST00000555542	ATG3	Q9NT62	314 aa		33.04	■■■□□ 2.88
PRKCH-216	ENST00000555542	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	33.03	■■■□□ 2.88
PRKCH-216	ENST00000555542	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		33.02	■■■□□ 2.88
PRKCH-216	ENST00000555542	PHF14	O94880	888 aa		33.01	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	MSL1	Q68DK7	614 aa		33	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		33	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	33	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	MAP3K5	Q99683	1374 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	ITPK1	Q13572	414 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	32.95	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PRKCH-216	ENST00000555542	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	GNPAT	O15228	680 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	YY1	P25490	414 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	SSFA2	P28290	1259 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	SMIM5	Q71RC9	77 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	CFAP53	Q96M91	514 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PRKCH-216	ENST00000555542	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	32.88	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	32.87	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		32.86	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	GPR162	Q16538	588 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	32.85	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	LGR6	Q9HBX8	967 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	32.84	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	32.83	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PRKCH-216	ENST00000555542	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	PPP2R1A	P30153	589 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	NUDC	Q9Y266	331 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	32.79	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	MRC1	P22897	1456 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PRKCH-216	ENST00000555542	ADRA2B	P18089	450 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	TJP1	Q07157	1748 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	RPS6KA4	O75676	772 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	RFC4	P35249	363 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	PRKAR2B	P31323	418 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	SLC39A6	Q13433	755 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	32.72	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	CHD4	Q14839	1912 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	MYH14	Q7Z406	1995 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	TEF	Q10587	303 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PRKCH-216	ENST00000555542	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	MMP10	P09238	476 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	C4A	P0C0L4	1744 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PRKCH-216	ENST00000555542	UTRN	P46939	3433 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	GRIN3B	O60391	1043 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	GYS1	P13807	737 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	32.62	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	UBR2	Q8IWV8	1755 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	FCHSD2	O94868	740 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	32.59	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	32.59	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PRKCH-216	ENST00000555542	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	NEFM	P07197	916 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	ZNF790	Q6PG37	636 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	ZPR1	O75312	459 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	BTBD11	A6QL63	1104 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	STARD3NL	O95772	234 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	32.52	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	FKBP8	Q14318	412 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	32.52	■■■□□ 2.8
PRKCH-216	ENST00000555542	COL15A1	P39059	1388 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PRKCH-216	ENST00000555542	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PRKCH-216	ENST00000555542	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	32.51	■■■□□ 2.79
PRKCH-216	ENST00000555542	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		32.51	■■■□□ 2.79

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