RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000534389.2

CSDE1-216, Transcript of cold shock domain containing E1, human

TSL 4

Gene CSDE1, Length 601 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CSDE1-216	ENST00000534389	TIMP2	P16035	220 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	TLR1	Q15399	786 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	C6orf118	Q5T5N4	469 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	TMEM164	Q5U3C3	297 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	TMEM214	Q6NUQ4	689 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	SERBP1	Q8NC51	408 aa	Known RBP eCLIP	4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	STK32A	Q8WU08	396 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	TSEN34	Q9BSV6	310 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	MTMR7	Q9Y216	660 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	ELOA	Q14241	798 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	SIX5	Q8N196	739 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	KLF16	Q9BXK1	252 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	AAAS	Q9NRG9	546 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	PCDHGA11	Q9Y5H2	935 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389		A0A1W2PRU2	124 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	PRMT3	O60678	531 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	LILRA1	O75019	489 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	LGR5	O75473	907 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	INHA	P05111	366 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	SMCP	P49901	116 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	KCTD17	Q8N5Z5	321 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	NBPF15	Q8N660	670 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	TSEN2	Q8NCE0	465 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	CNKSR1	Q969H4	720 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	4.66	□□□□□ -1.66	3e-6	■■■■□ 20.3
CSDE1-216	ENST00000534389	ZNF358	Q9NW07	568 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	ZNF232	Q9UNY5	417 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	KIAA1024	Q9UPX6	916 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CSDE1-216	ENST00000534389	CARNS1	A5YM72	827 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	BMP1	P13497	986 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ATP2B4	P23634	1241 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PTGIR	P43119	386 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SWI5	Q1ZZU3	235 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TNS4	Q8IZW8	715 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	LINC00528	Q8N1L1	170 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PRIMPOL	Q96LW4	560 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ZSCAN10	Q96SZ4	725 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ESYT1	Q9BSJ8	1104 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ETNK1	Q9HBU6	452 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	CABP1	Q9NZU7	370 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	DACH1	Q9UI36	760 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ZMIZ1	Q9ULJ6	1067 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	CLN3	Q13286	438 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	MRPL14	Q6P1L8	145 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389		Q6ZVU0	165 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	MEIOB	Q8N635	442 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SCG3	Q8WXD2	468 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	AIDA	Q96BJ3	306 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	INSM2	Q96T92	566 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	MKNK1	Q9BUB5	465 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389		A6NJY4	79 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TMEM229A	B2RXF0	380 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	BRD1	O95696	1058 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ABL1	P00519	1130 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SMTN	P53814	917 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	CENPC	Q03188	943 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TBCEL	Q5QJ74	424 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	NGLY1	Q96IV0	654 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	NEUROD4	Q9HD90	331 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ATP13A2	Q9NQ11	1180 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	FIGNL2	A6NMB9	653 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TTLL8	A6PVC2	850 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389		M0R2N6	131 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	MAN1A2	O60476	641 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	IL2RA	P01589	272 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SCNN1D	P51172	638 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PRICKLE2	Q7Z3G6	844 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	CLP1	Q92989	425 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	NIFK	Q9BYG3	293 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	SERTM1	A2A2V5	107 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PHKA2	P46019	1235 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	PLA2G4A	P47712	749 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	KCNA1	Q09470	495 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	AAMP	Q13685	434 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	XAGE2	Q96GT9	111 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	TSPAN10	Q9H1Z9	355 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	GMPR2	Q9P2T1	348 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CSDE1-216	ENST00000534389	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		4.61	□□□□□ -1.67

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