RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478095.1

HDAC6-222, Transcript of histone deacetylase 6, human

TSL 4

Gene HDAC6, Length 620 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC6-222	ENST00000478095	SBF2	Q86WG5	1849 aa		13.67	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	KCNQ4	P56696	695 aa		13.66	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	13.66	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		13.66	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	CABP4	P57796	275 aa		13.65	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	LGR6	Q9HBX8	967 aa		13.65	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	PALLD	Q8WX93	1383 aa		13.65	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	MAP3K5	Q99683	1374 aa		13.65	□□□□□ -0.22
HDAC6-222	ENST00000478095	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	RNMT	O43148	476 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		13.64	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	BTAF1	O14981	1849 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	NEFM	P07197	916 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		13.63	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	MRS2	Q9HD23	443 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	ATG3	Q9NT62	314 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		13.62	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	DCTN1	Q14203	1278 aa		13.61	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	NBPF14	Q5TI25	921 aa		13.61	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		13.61	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC52A2	Q9HAB3	445 aa		13.61	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	RREB1	Q92766	1687 aa		13.6	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		13.6	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	MCM10	Q7L590	875 aa		13.6	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	TEF	Q10587	303 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	NFE2L2	Q16236	605 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	ZNF827	Q17R98	1081 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	STK32B	Q9NY57	414 aa		13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
HDAC6-222	ENST00000478095	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SIK1	P57059	783 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC39A6	Q13433	755 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	MRC1	P22897	1456 aa		13.58	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	RUNDC1	Q96C34	613 aa		13.57	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		13.57	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		13.57	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	ATP6V1A	P38606	617 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	ITPK1	Q13572	414 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	NEUROD2	Q15784	382 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC15A2	Q16348	729 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	ITGB4	P16144	1822 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	RIPK4	P57078	832 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	PAPPA	Q13219	1627 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	BTBD11	A6QL63	1104 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	KCNQ3	O43525	872 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	LY75	O60449	1722 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	SCN11A	Q9UI33	1791 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC6-222	ENST00000478095	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	APAF1	O14727	1248 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	ZNF790	Q6PG37	636 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	SMIM5	Q71RC9	77 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	AK7	Q96M32	723 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	PHF14	O94880	888 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	GNPAT	O15228	680 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	ZBTB7A	O95365	584 aa		13.49	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		13.48	□□□□□ -0.25
HDAC6-222	ENST00000478095	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		13.47	□□□□□ -0.25

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