Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKE2

Trem1, Triggering receptor expressed on myeloid cells 1, mousemouse

Predictions only

Length 230 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trem1Q9JKE2 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
Trem1Q9JKE2 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Trem1Q9JKE2 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Trem1Q9JKE2 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
Trem1Q9JKE2 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
Trem1Q9JKE2 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Trem1Q9JKE2 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Trem1Q9JKE2 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Trem1Q9JKE2 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Trem1Q9JKE2 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Trem1Q9JKE2 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Trem1Q9JKE2 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Trem1Q9JKE2 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Trem1Q9JKE2 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Trem1Q9JKE2 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Trem1Q9JKE2 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Trem1Q9JKE2 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trem1Q9JKE2 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
Trem1Q9JKE2 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Trem1Q9JKE2 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Trem1Q9JKE2 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Trem1Q9JKE2 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Trem1Q9JKE2 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Trem1Q9JKE2 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Trem1Q9JKE2 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Trem1Q9JKE2 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Trem1Q9JKE2 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
Trem1Q9JKE2 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Trem1Q9JKE2 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Trem1Q9JKE2 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Trem1Q9JKE2 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trem1Q9JKE2 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trem1Q9JKE2 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Trem1Q9JKE2 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Trem1Q9JKE2 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Trem1Q9JKE2 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Trem1Q9JKE2 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
Trem1Q9JKE2 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Trem1Q9JKE2 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Trem1Q9JKE2 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Trem1Q9JKE2 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Trem1Q9JKE2 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
Trem1Q9JKE2 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Trem1Q9JKE2 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Trem1Q9JKE2 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Trem1Q9JKE2 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Trem1Q9JKE2 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Trem1Q9JKE2 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
Trem1Q9JKE2 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Trem1Q9JKE2 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Trem1Q9JKE2 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
Trem1Q9JKE2 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trem1Q9JKE2 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Trem1Q9JKE2 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trem1Q9JKE2 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trem1Q9JKE2 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trem1Q9JKE2 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Trem1Q9JKE2 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Trem1Q9JKE2 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Trem1Q9JKE2 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Trem1Q9JKE2 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Trem1Q9JKE2 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Trem1Q9JKE2 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Trem1Q9JKE2 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Trem1Q9JKE2 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Trem1Q9JKE2 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Trem1Q9JKE2 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Trem1Q9JKE2 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Trem1Q9JKE2 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Trem1Q9JKE2 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Trem1Q9JKE2 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Trem1Q9JKE2 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
Trem1Q9JKE2 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Trem1Q9JKE2 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Trem1Q9JKE2 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Trem1Q9JKE2 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Trem1Q9JKE2 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Trem1Q9JKE2 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Trem1Q9JKE2 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Trem1Q9JKE2 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Trem1Q9JKE2 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Trem1Q9JKE2 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trem1Q9JKE2 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trem1Q9JKE2 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Trem1Q9JKE2 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Trem1Q9JKE2 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Trem1Q9JKE2 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Trem1Q9JKE2 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Trem1Q9JKE2 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Trem1Q9JKE2 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trem1Q9JKE2 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Trem1Q9JKE2 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trem1Q9JKE2 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Trem1Q9JKE2 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trem1Q9JKE2 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trem1Q9JKE2 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trem1Q9JKE2 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Trem1Q9JKE2 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
Trem1Q9JKE2 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trem1Q9JKE2 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.1 ms