Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.55■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.55■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC44.54■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
TCOF1Q13428 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC44.42■■■■■ 4.7
TCOF1Q13428 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.39■■■■■ 4.7
TCOF1Q13428 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC44.39■■■■■ 4.7
TCOF1Q13428 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC44.37■■■■■ 4.69
TCOF1Q13428 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC44.33■■■■■ 4.69
TCOF1Q13428 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC44.29■■■■■ 4.68
TCOF1Q13428 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.28■■■■■ 4.68
TCOF1Q13428 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.18■■■■■ 4.66
TCOF1Q13428 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC44.14■■■■■ 4.66
TCOF1Q13428 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.14■■■■■ 4.66
TCOF1Q13428 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.13■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC44.11■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC44.1■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC44.1■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.08■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC44.08■■■■■ 4.65
TCOF1Q13428 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.04■■■■■ 4.64
TCOF1Q13428 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.97■■■■■ 4.63
TCOF1Q13428 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.94■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC43.9■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC43.89■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC43.89■■■■■ 4.62
TCOF1Q13428 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC43.88■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC43.86■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.85■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.85■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.82■■■■■ 4.61
TCOF1Q13428 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC43.8■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.78■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC43.77■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC43.76■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.76■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC43.76■■■■■ 4.6
TCOF1Q13428 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC43.75■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC43.73■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC43.72■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC43.7■■■■■ 4.59
TCOF1Q13428 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.69■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC43.69■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.67■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC43.64■■■■■ 4.58
TCOF1Q13428 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.6■■■■■ 4.57
TCOF1Q13428 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.57■■■■■ 4.57
TCOF1Q13428 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC43.55■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.55■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC43.53■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.53■■■■■ 4.56
TCOF1Q13428 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.49■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC43.49■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.48■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.48■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC43.47■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC43.45■■■■■ 4.55
TCOF1Q13428 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC43.44■■■■■ 4.54
TCOF1Q13428 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC43.38■■■■■ 4.54
TCOF1Q13428 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC43.34■■■■■ 4.53
TCOF1Q13428 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.32■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.31■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC43.29■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC43.26■■■■■ 4.52
TCOF1Q13428 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC43.24■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC43.24■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC43.22■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.2■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.2■■■■■ 4.51
TCOF1Q13428 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC43.17■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC43.17■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.17■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC43.15■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.15■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC43.14■■■■■ 4.5
TCOF1Q13428 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.11■■■■■ 4.49
TCOF1Q13428 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC43.09■■■■■ 4.49
TCOF1Q13428 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.07■■■■■ 4.49
TCOF1Q13428 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.04■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.04■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC43.04■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC43.02■■■■■ 4.48
TCOF1Q13428 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC42.99■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.97■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC42.96■■■■■ 4.47
TCOF1Q13428 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.94■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.93■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.92■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.91■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.9■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC42.88■■■■■ 4.46
TCOF1Q13428 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.87■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
TCOF1Q13428 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC42.85■■■■■ 4.45
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