Protein–RNA interactions for Protein: P18111

Cdx1, Homeobox protein CDX-1, mousemouse

Predictions only

Length 268 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cdx1P18111 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Cdx1P18111 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Cdx1P18111 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Cdx1P18111 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Cdx1P18111 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Cdx1P18111 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Cdx1P18111 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Cdx1P18111 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
Cdx1P18111 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Cdx1P18111 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Cdx1P18111 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Cdx1P18111 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
Cdx1P18111 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Cdx1P18111 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Cdx1P18111 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Cdx1P18111 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Cdx1P18111 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Cdx1P18111 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Cdx1P18111 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Cdx1P18111 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Cdx1P18111 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Cdx1P18111 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Cdx1P18111 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Cdx1P18111 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Cdx1P18111 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Cdx1P18111 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Cdx1P18111 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Cdx1P18111 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Cdx1P18111 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Cdx1P18111 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
Cdx1P18111 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Cdx1P18111 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Cdx1P18111 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Cdx1P18111 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Cdx1P18111 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Cdx1P18111 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Cdx1P18111 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Cdx1P18111 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Cdx1P18111 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Cdx1P18111 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Cdx1P18111 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Cdx1P18111 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Cdx1P18111 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Cdx1P18111 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Cdx1P18111 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Cdx1P18111 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Cdx1P18111 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Cdx1P18111 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Cdx1P18111 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Cdx1P18111 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Cdx1P18111 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Cdx1P18111 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Cdx1P18111 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Cdx1P18111 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Cdx1P18111 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Cdx1P18111 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Cdx1P18111 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Cdx1P18111 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Cdx1P18111 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Cdx1P18111 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Cdx1P18111 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Cdx1P18111 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Cdx1P18111 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Cdx1P18111 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Cdx1P18111 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Cdx1P18111 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Cdx1P18111 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Cdx1P18111 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Cdx1P18111 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Cdx1P18111 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Cdx1P18111 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Cdx1P18111 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Cdx1P18111 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Cdx1P18111 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Cdx1P18111 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Cdx1P18111 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Cdx1P18111 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Cdx1P18111 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Cdx1P18111 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Cdx1P18111 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Cdx1P18111 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Cdx1P18111 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Cdx1P18111 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Cdx1P18111 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Cdx1P18111 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Cdx1P18111 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Cdx1P18111 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Cdx1P18111 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Cdx1P18111 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Cdx1P18111 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Cdx1P18111 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Cdx1P18111 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Cdx1P18111 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Cdx1P18111 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Cdx1P18111 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Cdx1P18111 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Cdx1P18111 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Cdx1P18111 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Cdx1P18111 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Cdx1P18111 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.4 ms