Protein–RNA interactions for Protein: P06748

NPM1, Nucleophosmin, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 294 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPM1P06748 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC55.59■■■■■ 6.49not detected
NPM1P06748 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC55.1■■■■■ 6.41not detected
NPM1P06748 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC54.98■■■■■ 6.39not detected
NPM1P06748 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC53.93■■■■■ 6.22not detected
NPM1P06748 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC53.32■■■■■ 6.13not detected
NPM1P06748 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC53.21■■■■■ 6.11not detected
NPM1P06748 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC53.14■■■■■ 6.1not detected
NPM1P06748 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC53.07■■■■■ 6.09not detected
NPM1P06748 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC53■■■■■ 6.07not detected
NPM1P06748 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.8■■■■■ 6.04not detected
NPM1P06748 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC52.56■■■■■ 6not detected
NPM1P06748 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC52.35■■■■■ 5.97not detected
NPM1P06748 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.28■■■■■ 5.96not detected
NPM1P06748 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC52.21■■■■■ 5.95not detected
NPM1P06748 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC52.1■■■■■ 5.93not detected
NPM1P06748 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC52.04■■■■■ 5.92not detected
NPM1P06748 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC51.84■■■■■ 5.89not detected
NPM1P06748 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.62■■■■■ 5.85not detected
NPM1P06748 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC51.59■■■■■ 5.85not detected
NPM1P06748 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.43■■■■■ 5.82not detected
NPM1P06748 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC51.43■■■■■ 5.82not detected
NPM1P06748 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC51.43■■■■■ 5.82not detected
NPM1P06748 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC51.42■■■■■ 5.82not detected
NPM1P06748 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC51.28■■■■■ 5.8not detected
NPM1P06748 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51.12■■■■■ 5.77not detected
NPM1P06748 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC51.08■■■■■ 5.77not detected
NPM1P06748 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC51■■■■■ 5.75not detected
NPM1P06748 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC50.98■■■■■ 5.75not detected
NPM1P06748 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC50.75■■■■■ 5.71not detected
NPM1P06748 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC50.7■■■■■ 5.71not detected
NPM1P06748 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC50.68■■■■■ 5.7not detected
NPM1P06748 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC50.37■■■■■ 5.65not detected
NPM1P06748 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC50.36■■■■■ 5.65not detected
NPM1P06748 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC50.34■■■■■ 5.65not detected
NPM1P06748 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC50.12■■■■■ 5.61not detected
NPM1P06748 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC49.75■■■■■ 5.55not detected
NPM1P06748 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC49.72■■■■■ 5.55not detected
NPM1P06748 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.51■■■■■ 5.52not detected
NPM1P06748 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC49.42■■■■■ 5.5not detected
NPM1P06748 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC49.42■■■■■ 5.5not detected
NPM1P06748 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.38■■■■■ 5.5not detected
NPM1P06748 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC49.32■■■■■ 5.49not detected
NPM1P06748 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC49.28■■■■■ 5.48not detected
NPM1P06748 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC49.28■■■■■ 5.48not detected
NPM1P06748 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC49.26■■■■■ 5.48not detected
NPM1P06748 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.19■■■■■ 5.47not detected
NPM1P06748 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC49.04■■■■■ 5.44not detected
NPM1P06748 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC49.04■■■■■ 5.44not detected
NPM1P06748 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC49.01■■■■■ 5.44not detected
NPM1P06748 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC48.95■■■■■ 5.43not detected
NPM1P06748 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC48.91■■■■■ 5.42not detected
NPM1P06748 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC48.91■■■■■ 5.42not detected
NPM1P06748 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.9■■■■■ 5.42not detected
NPM1P06748 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC48.88■■■■■ 5.42not detected
NPM1P06748 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC48.86■■■■■ 5.41not detected
NPM1P06748 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC48.81■■■■■ 5.4not detected
NPM1P06748 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.73■■■■■ 5.39not detected
NPM1P06748 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC48.72■■■■■ 5.39not detected
NPM1P06748 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC48.69■■■■■ 5.38not detected
NPM1P06748 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC48.68■■■■■ 5.38not detected
NPM1P06748 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC48.66■■■■■ 5.38not detected
NPM1P06748 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC48.65■■■■■ 5.38not detected
NPM1P06748 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC48.52■■■■■ 5.36not detected
NPM1P06748 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC48.46■■■■■ 5.35not detected
NPM1P06748 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.42■■■■■ 5.34not detected
NPM1P06748 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.41■■■■■ 5.34not detected
NPM1P06748 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.39■■■■■ 5.34not detected
NPM1P06748 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC48.38■■■■■ 5.34not detected
NPM1P06748 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC48.34■■■■■ 5.33not detected
NPM1P06748 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.34■■■■■ 5.33not detected
NPM1P06748 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.28■■■■■ 5.32not detected
NPM1P06748 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC48.21■■■■■ 5.31not detected
NPM1P06748 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.1■■■■■ 5.29not detected
NPM1P06748 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC48.1■■■■■ 5.29not detected
NPM1P06748 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC48.07■■■■■ 5.28not detected
NPM1P06748 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC48.06■■■■■ 5.28not detected
NPM1P06748 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC48.03■■■■■ 5.28not detected
NPM1P06748 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.97■■■■■ 5.27not detected
NPM1P06748 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC47.93■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC47.92■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.91■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC47.9■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC47.9■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC47.89■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.88■■■■■ 5.26not detected
NPM1P06748 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.81■■■■■ 5.24not detected
NPM1P06748 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC47.8■■■■■ 5.24not detected
NPM1P06748 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC47.78■■■■■ 5.24not detected
NPM1P06748 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.77■■■■■ 5.24not detected
NPM1P06748 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.77■■■■■ 5.24not detected
NPM1P06748 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47.75■■■■■ 5.24not detected
NPM1P06748 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC47.74■■■■■ 5.23not detected
NPM1P06748 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC47.72■■■■■ 5.23not detected
NPM1P06748 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC47.71■■■■■ 5.23not detected
NPM1P06748 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.7■■■■■ 5.23not detected
NPM1P06748 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47.67■■■■■ 5.22not detected
NPM1P06748 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC47.66■■■■■ 5.22not detected
NPM1P06748 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC47.66■■■■■ 5.22not detected
NPM1P06748 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.65■■■■■ 5.22not detected
NPM1P06748 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC47.64■■■■■ 5.22not detected
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.4 ms