Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MIR466-201ENST00000580653 84 ntBASIC1.72□□□□□ -2.13
TRIM28Q13263 RNU6-446P-201ENST00000362827 106 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 SNORA25.5-201ENST00000363782 126 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6-645P-201ENST00000364649 106 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 TRAJ9-201ENST00000390528 61 ntAPPRIS P1 BASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU1-119P-201ENST00000391122 165 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 AC067940.1-201ENST00000458411 300 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RN7SKP88-201ENST00000516847 250 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 7SK.8-201ENST00000612110 250 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 7SK.11-201ENST00000615477 250 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 7SK.13-201ENST00000622040 250 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNA5SP363-201ENST00000365072 115 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6-260P-201ENST00000384092 107 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 AL591704.2-201ENST00000421658 181 ntBASIC1.7□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 KTN1-205ENST00000395314 4618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC1.7□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU1-123P-201ENST00000458950 160 ntBASIC1.69□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU7-104P-201ENST00000459398 79 ntBASIC1.69□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 MIR100-201ENST00000385259 80 ntBASIC1.68□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 snoU13.18-201ENST00000459483 104 ntBASIC1.68□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6V-201ENST00000384105 107 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 MIR216B-201ENST00000390186 82 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6-910P-201ENST00000390844 107 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6ATAC8P-201ENST00000408460 126 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6-994P-201ENST00000410507 111 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 SCARNA21.1-201ENST00000515996 128 ntBASIC1.67□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 Y_RNA.174-201ENST00000363781 105 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6-990P-201ENST00000364385 104 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 MIR520F-201ENST00000384824 87 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 MIR1276-201ENST00000408707 83 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 AL135923.1-201ENST00000413066 196 ntTSL 3 BASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 RNU6-656P-201ENST00000516785 107 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 AL136317.1-201ENST00000612653 226 ntBASIC1.66□□□□□ -2.14
TRIM28Q13263 MIR1-1-201ENST00000362147 71 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 SNORA80D-201ENST00000384488 135 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU6-997P-201ENST00000384725 107 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNA5SP299-201ENST00000391203 116 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU1-78P-201ENST00000391248 165 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU7-90P-201ENST00000459216 62 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 SNORD79.1-201ENST00000516069 84 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNA5SP147-201ENST00000516493 109 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 AC067863.3-201ENST00000624172 122 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR7978-201ENST00000636158 59 ntBASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 JMJD1C-212ENST00000639129 7901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC1.65□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU6-940P-201ENST00000363433 104 ntBASIC1.64□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR644A-201ENST00000385262 94 ntBASIC1.64□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR758-201ENST00000390227 88 ntBASIC1.64□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNA5SP61-201ENST00000516453 100 ntBASIC1.64□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 FAM19A1-204ENST00000617084 159 ntTSL 5 BASIC1.64□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 CCDC14-221ENST00000489746 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.63□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 SNORD113-4-201ENST00000364802 75 ntBASIC1.63□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR489-201ENST00000384923 84 ntBASIC1.63□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU6-902P-201ENST00000517212 91 ntBASIC1.63□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 TFEC-204ENST00000457268 6309 ntTSL 3 BASIC1.62□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR7-2-201ENST00000384970 110 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RMST_2.1-201ENST00000617263 136 ntBASIC1.62□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 SNORA2.1-201ENST00000363089 137 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR1827-201ENST00000408549 66 ntBASIC1.61□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 SNORA75.1-201ENST00000391130 148 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 AC002350.1-201ENST00000490759 375 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU4ATAC11P-201ENST00000515939 126 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNU6-1089P-201ENST00000516473 104 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 AC068338.1-201ENST00000565567 176 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR6739-201ENST00000622461 75 ntBASIC1.6□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 RNA5SP215-201ENST00000363440 122 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 Y_RNA.224-201ENST00000364308 111 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MT-TY-201ENST00000387409 66 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR4422-201ENST00000581938 83 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 MIR6504-201ENST00000613520 61 ntBASIC1.59□□□□□ -2.15
TRIM28Q13263 PPP1R3A-201ENST00000284601 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.59□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU6ATAC2P-201ENST00000387943 126 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 SNORD41.1-201ENST00000391000 69 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 MIR6078-201ENST00000611069 100 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 AC244669.1-204ENST00000621564 178 ntBASIC1.58□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU6-1335P-201ENST00000365426 107 ntBASIC1.57□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 SNORD28-201ENST00000384706 75 ntBASIC1.57□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RPS29P23-201ENST00000458635 123 ntBASIC1.57□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 MIR3938-201ENST00000582157 103 ntBASIC1.57□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU6-122P-201ENST00000516818 107 ntBASIC1.56□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNA5SP102-201ENST00000516865 106 ntBASIC1.56□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 MIR548V-201ENST00000584165 80 ntBASIC1.56□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU6-92P-201ENST00000605893 104 ntBASIC1.56□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 ZGRF1-208ENST00000505019 6652 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.55□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 snoU13.13-201ENST00000458842 104 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU4ATAC4P-201ENST00000516307 126 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 Y_RNA.722-201ENST00000517279 114 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 MIR4460-201ENST00000577862 86 ntBASIC1.55□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 SNORD60.1-201ENST00000362451 73 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU6-726P-201ENST00000364680 107 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNA5SP117-201ENST00000365294 118 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 MIR630-201ENST00000384957 97 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 AL157398.1-201ENST00000452981 186 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU5B-6P-201ENST00000516765 68 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 SNORA70.22-201ENST00000517160 124 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 AC018659.1-201ENST00000551083 169 ntBASIC1.54□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 FAM135A-203ENST00000370479 5930 ntTSL 1 (best) BASIC1.53□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU1-141P-201ENST00000364623 158 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 AC002429.1-201ENST00000437672 148 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU7-74P-201ENST00000459104 62 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 MIR4639-201ENST00000584938 69 ntBASIC1.53□□□□□ -2.16
TRIM28Q13263 RNU6-936P-201ENST00000384005 107 ntBASIC1.52□□□□□ -2.17
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