Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-396P-201ENST00000365369 105 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 VTRNA1-3-201ENST00000365645 89 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.528-201ENST00000384575 108 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR548A1-201ENST00000385041 97 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR563-201ENST00000385080 79 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1165P-201ENST00000410119 107 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-613P-201ENST00000410412 108 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1086P-201ENST00000410930 100 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 TMSB4XP3-201ENST00000445144 114 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNA5SP255-201ENST00000516370 107 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-406P-201ENST00000516470 107 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORA62.5-201ENST00000516634 120 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORA25.16-201ENST00000516741 121 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC141846.1-201ENST00000568348 142 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 FAM13A-AS1_1.1-201ENST00000612555 119 ntBASIC0.58□□□□□ -2.32
SHHQ15465 C18orf54-201ENST00000300091 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.127-201ENST00000363386 109 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.242-201ENST00000364473 110 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.247-201ENST00000364500 92 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-580P-201ENST00000365159 107 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.353-201ENST00000365440 108 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD50.2-201ENST00000365465 70 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD116-14-201ENST00000383894 92 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD116-17-201ENST00000383929 92 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.430-201ENST00000384081 110 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-22P-201ENST00000384355 107 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD116-15-201ENST00000384445 92 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD38B-201ENST00000384690 67 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD116-19-201ENST00000384729 92 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD89-201ENST00000390981 114 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNA5SP63-201ENST00000391225 112 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR942-201ENST00000401111 86 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6ATAC6P-201ENST00000408132 126 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC073127.1-201ENST00000447336 333 ntTSL 3 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU7-79P-201ENST00000516082 62 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU7-6P-201ENST00000516845 62 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC025166.1-201ENST00000612411 163 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR6129-201ENST00000616087 109 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AL662814.1-201ENST00000617364 121 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 ST7-AS2_1.1-201ENST00000622900 72 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD38B-202ENST00000625943 69 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR3914-2-201ENST00000637339 95 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC132825.6-201ENST00000638861 357 ntBASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 C9orf84-203ENST00000374287 4721 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 CALCRL-202ENST00000409998 5223 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC0.57□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD113.3-201ENST00000364630 78 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-80P-201ENST00000384195 107 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.454-201ENST00000384224 113 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 TRAJ1-201ENST00000390536 62 ntAPPRIS P1 BASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1321P-201ENST00000390905 107 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.588-201ENST00000391254 102 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORA19.1-201ENST00000410656 129 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC114737.2-201ENST00000421583 173 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR2115-201ENST00000516657 100 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU7-35P-201ENST00000517174 62 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR3613-201ENST00000579844 87 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 TUG1_4.1-201ENST00000619464 181 ntBASIC0.56□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.35-201ENST00000362601 101 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.168-201ENST00000363740 102 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-934P-201ENST00000365154 107 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AL022718.1-201ENST00000412004 84 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU7-137P-201ENST00000516788 62 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.712-201ENST00000517011 92 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MTND5P34-201ENST00000568888 325 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR4676-201ENST00000583078 72 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR548Z-201ENST00000584743 97 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR8066-201ENST00000617280 78 ntBASIC0.55□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD115-2-201ENST00000362842 82 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1290P-201ENST00000362957 109 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNA5SP245-201ENST00000364239 121 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD115-20-201ENST00000365099 82 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR34C-201ENST00000384831 77 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR206-201ENST00000384872 86 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1168P-201ENST00000390831 104 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MTATP6P21-201ENST00000440681 189 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU7-185P-201ENST00000459215 60 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC138749.4-201ENST00000563970 127 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR4491-201ENST00000581087 68 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AC025627.3-201ENST00000582078 182 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR4264-201ENST00000583520 66 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AP000753.3-201ENST00000604083 169 ntBASIC0.54□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.13-201ENST00000362403 112 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORA63.5-201ENST00000363548 123 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-647P-201ENST00000364243 107 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORD113-1-201ENST00000365321 69 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.362-201ENST00000365518 110 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.448-201ENST00000384185 108 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1067P-201ENST00000384752 107 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU6-1154P-201ENST00000391001 104 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORA7.5-201ENST00000410672 110 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RNU4-69P-201ENST00000410677 143 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 RPS26P5-201ENST00000418544 335 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 Y_RNA.649-201ENST00000459077 103 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 U7.7-201ENST00000459276 60 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 COX6CP6-201ENST00000490840 228 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 MIR4804-201ENST00000581683 73 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 AL353765.1-201ENST00000605514 183 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 U6.109-201ENST00000636749 87 ntBASIC0.53□□□□□ -2.32
SHHQ15465 SNORA63.4-201ENST00000362763 126 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
SHHQ15465 RNU6-403P-201ENST00000363163 104 ntBASIC0.52□□□□□ -2.33
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