Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AKAP9-203ENST00000359028 12247 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 Y_RNA.354-201ENST00000365448 111 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNU6-950P-201ENST00000384651 107 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNA5SP182-201ENST00000516064 82 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AC026271.5-201ENST00000577873 130 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 MIR4658-201ENST00000584344 65 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AL137847.3-201ENST00000611521 109 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AP001362.1-201ENST00000625165 124 ntBASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 MIPOL1-203ENST00000537471 5954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.56□□□□□ -2
TRIM28Q13263 ZBTB6-201ENST00000373659 4106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNU4-83P-201ENST00000410863 133 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNU7-85P-201ENST00000458851 63 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AC099513.1-201ENST00000490423 301 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNVU1-2-201ENST00000516326 135 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 SNORA74.3-201ENST00000517108 154 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNA5SP437-201ENST00000517249 129 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AC121758.2-201ENST00000553271 193 ntBASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 MYSM1-208ENST00000622766 6020 ntTSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 ZNF451-208ENST00000491832 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -2
TRIM28Q13263 HSBP1P2-201ENST00000299671 229 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 MIRLET7A1-201ENST00000362295 80 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNU6-1067P-201ENST00000384752 107 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 MIR660-201ENST00000385235 97 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNU11-3P-201ENST00000391111 133 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNU6ATAC38P-201ENST00000408119 126 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RPL23AP42-201ENST00000471152 471 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 RNA5SP402-201ENST00000517148 110 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 Y_RNA.783-201ENST00000613546 102 ntBASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 PRKACB-204ENST00000370685 4481 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC2.54□□□□□ -2
TRIM28Q13263 UHMK1-204ENST00000545294 8117 ntTSL 2 BASIC2.53□□□□□ -2
TRIM28Q13263 SNORA6-201ENST00000384033 151 ntBASIC2.53□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AC019129.1-201ENST00000403786 261 ntBASIC2.53□□□□□ -2
TRIM28Q13263 MIR5089-201ENST00000580047 84 ntBASIC2.53□□□□□ -2
TRIM28Q13263 ZNRD1-AS1_1.6-201ENST00000610339 68 ntBASIC2.53□□□□□ -2
TRIM28Q13263 AL513423.1-201ENST00000621695 132 ntBASIC2.53□□□□□ -2
TRIM28Q13263 SNORA63.2-201ENST00000362603 126 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR29C-201ENST00000385231 88 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 HMGN2P23-201ENST00000456759 269 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-557P-201ENST00000516842 110 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR548AO-201ENST00000579992 96 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 SNORD14A-201ENST00000606526 91 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC245884.12-201ENST00000615364 59 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR8066-201ENST00000617280 78 ntBASIC2.52□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 Y_RNA.508-201ENST00000384502 114 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR1283-2-201ENST00000408621 87 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC108210.2-201ENST00000503681 201 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-539P-201ENST00000516665 103 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-295P-201ENST00000516901 104 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR6895-201ENST00000613497 78 ntBASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 SI-201ENST00000264382 6011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 THOC2-216ENST00000491737 4452 ntTSL 5 BASIC2.51□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC008163.1-202ENST00000636004 2889 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-686P-201ENST00000364839 107 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 snoU13.11-201ENST00000459219 104 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC141846.1-201ENST00000568348 142 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC008133.2-201ENST00000624540 351 ntBASIC2.5□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 LINC01790-201ENST00000447194 2852 ntTSL 2 BASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-161P-201ENST00000363051 106 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 Y_RNA.532-201ENST00000384590 113 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-296P-201ENST00000384608 107 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-482P-201ENST00000391068 107 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC005908.1-201ENST00000468701 347 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RPS29P11-201ENST00000496507 171 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 CYP3A52P-201ENST00000563326 91 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR4764-201ENST00000580680 88 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC090897.1-201ENST00000580909 226 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR6845-201ENST00000613182 61 ntBASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 PYGO1-201ENST00000302000 8488 ntTSL 1 (best) BASIC2.49□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 CSNK1G3-202ENST00000360683 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RGPD1-204ENST00000559485 5247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR520A-201ENST00000384862 85 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 5S_rRNA.2-201ENST00000391293 112 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU2-7P-201ENST00000410794 178 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNA5SP445-201ENST00000515889 115 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 SNORA31.11-201ENST00000516528 139 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-1015P-201ENST00000517121 99 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 SUB1P4-201ENST00000566062 339 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR4709-201ENST00000577272 72 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR4796-201ENST00000580742 81 ntBASIC2.48□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIRLET7G-201ENST00000362280 84 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU6-112P-201ENST00000363599 104 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU1-148P-201ENST00000384472 162 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNU7-43P-201ENST00000516554 64 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC133485.1-201ENST00000567176 124 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MIR5694-201ENST00000581190 76 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AL512598.1-201ENST00000610158 273 ntBASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 MALAT1-207ENST00000613376 132 ntTSL 3 BASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 AC008781.2-201ENST00000502205 2480 ntTSL 1 (best) BASIC2.47□□□□□ -2.01
TRIM28Q13263 RNY1P2-201ENST00000364820 117 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 RNU6-411P-201ENST00000384451 107 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 RNA5SP292-201ENST00000390974 118 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 SNORA40.18-201ENST00000391200 128 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 AC027119.1-201ENST00000440877 241 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 RNU6-1108P-201ENST00000516308 104 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 RNU6-850P-201ENST00000516934 103 ntBASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 AC025887.1-201ENST00000578349 264 ntTSL 3 BASIC2.46□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 MIR424-201ENST00000362227 98 ntBASIC2.45□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 SNORD38B-201ENST00000384690 67 ntBASIC2.45□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 MIR1265-201ENST00000408444 86 ntBASIC2.45□□□□□ -2.02
TRIM28Q13263 SNRPGP12-201ENST00000449481 213 ntBASIC2.45□□□□□ -2.02
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