Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
NKX2-4Q9H2Z4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX2-4Q9H2Z4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC27.57■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.55■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
NKX2-4Q9H2Z4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
NKX2-4Q9H2Z4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.45■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms