Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lima1Q9ERG0 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lima1Q9ERG0 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Lima1Q9ERG0 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Lima1Q9ERG0 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Lima1Q9ERG0 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
Lima1Q9ERG0 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.7 ms