Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SYNE3Q6ZMZ3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SYNE3Q6ZMZ3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.81■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
SYNE3Q6ZMZ3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.76■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC29.7■■■□□ 2.35
SYNE3Q6ZMZ3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SYNE3Q6ZMZ3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.9 ms