Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CtcfQ61164 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CtcfQ61164 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CtcfQ61164 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 March9-201ENSMUST00000040307 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CtcfQ61164 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CtcfQ61164 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.5 ms