Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Nkx3-1P97436 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Nkx3-1P97436 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Nkx3-1P97436 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Nkx3-1P97436 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.9 ms