Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL4A4P53420 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2
COL4A4P53420 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A4P53420 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL4A4P53420 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL4A4P53420 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL4A4P53420 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL4A4P53420 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL4A4P53420 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL4A4P53420 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A4P53420 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A4P53420 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A4P53420 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A4P53420 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A4P53420 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL4A4P53420 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A4P53420 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A4P53420 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL4A4P53420 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.52■■■□□ 2
COL4A4P53420 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL4A4P53420 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL4A4P53420 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC27.39■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.1 ms