Protein–RNA interactions for Protein: P48431

SOX2, Transcription factor SOX-2, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX2P48431 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX2P48431 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX2P48431 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX2P48431 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX2P48431 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX2P48431 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SOX2P48431 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX2P48431 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX2P48431 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX2P48431 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX2P48431 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX2P48431 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX2P48431 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX2P48431 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX2P48431 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX2P48431 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX2P48431 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX2P48431 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX2P48431 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX2P48431 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX2P48431 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX2P48431 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX2P48431 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX2P48431 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SOX2P48431 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SOX2P48431 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SOX2P48431 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SOX2P48431 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SOX2P48431 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SOX2P48431 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SOX2P48431 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SOX2P48431 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SOX2P48431 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SOX2P48431 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SOX2P48431 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SOX2P48431 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SOX2P48431 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SOX2P48431 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SOX2P48431 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SOX2P48431 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SOX2P48431 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SOX2P48431 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SOX2P48431 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX2P48431 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX2P48431 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SOX2P48431 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SOX2P48431 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX2P48431 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SOX2P48431 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX2P48431 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX2P48431 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX2P48431 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SOX2P48431 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SOX2P48431 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX2P48431 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX2P48431 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX2P48431 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX2P48431 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SOX2P48431 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SOX2P48431 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SOX2P48431 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX2P48431 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX2P48431 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SOX2P48431 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SOX2P48431 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SOX2P48431 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SOX2P48431 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SOX2P48431 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SOX2P48431 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SOX2P48431 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SOX2P48431 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SOX2P48431 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms