Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPL28P46779 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPL28P46779 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPL28P46779 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPL28P46779 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPL28P46779 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPL28P46779 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
RPL28P46779 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPL28P46779 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPL28P46779 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPL28P46779 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
RPL28P46779 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
RPL28P46779 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPL28P46779 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPL28P46779 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPL28P46779 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPL28P46779 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPL28P46779 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPL28P46779 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPL28P46779 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPL28P46779 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPL28P46779 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPL28P46779 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPL28P46779 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPL28P46779 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPL28P46779 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPL28P46779 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPL28P46779 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPL28P46779 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPL28P46779 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPL28P46779 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPL28P46779 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPL28P46779 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPL28P46779 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPL28P46779 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPL28P46779 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPL28P46779 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPL28P46779 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPL28P46779 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPL28P46779 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPL28P46779 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPL28P46779 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPL28P46779 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPL28P46779 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPL28P46779 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
RPL28P46779 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPL28P46779 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPL28P46779 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPL28P46779 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPL28P46779 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPL28P46779 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPL28P46779 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPL28P46779 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPL28P46779 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPL28P46779 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPL28P46779 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
RPL28P46779 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
RPL28P46779 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
RPL28P46779 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.8 ms