Protein–RNA interactions for Protein: P43699

NKX2-1, Homeobox protein Nkx-2.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 371 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-1P43699 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
NKX2-1P43699 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
NKX2-1P43699 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
NKX2-1P43699 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
NKX2-1P43699 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms