Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
LIG1P18858 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
LIG1P18858 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
LIG1P18858 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
LIG1P18858 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.25
LIG1P18858 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
LIG1P18858 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
LIG1P18858 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
LIG1P18858 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
LIG1P18858 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
LIG1P18858 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
LIG1P18858 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
LIG1P18858 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
LIG1P18858 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
LIG1P18858 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
LIG1P18858 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
LIG1P18858 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
LIG1P18858 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
LIG1P18858 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
LIG1P18858 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
LIG1P18858 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
LIG1P18858 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
LIG1P18858 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
LIG1P18858 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
LIG1P18858 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
LIG1P18858 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
LIG1P18858 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
LIG1P18858 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.06■■■□□ 2.24
LIG1P18858 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
LIG1P18858 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
LIG1P18858 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
LIG1P18858 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
LIG1P18858 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
LIG1P18858 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
LIG1P18858 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
LIG1P18858 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
LIG1P18858 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
LIG1P18858 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
LIG1P18858 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
LIG1P18858 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
LIG1P18858 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
LIG1P18858 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
LIG1P18858 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
LIG1P18858 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
LIG1P18858 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
LIG1P18858 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
LIG1P18858 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LIG1P18858 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
LIG1P18858 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
LIG1P18858 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LIG1P18858 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LIG1P18858 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
LIG1P18858 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
LIG1P18858 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
LIG1P18858 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
LIG1P18858 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
LIG1P18858 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
LIG1P18858 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
LIG1P18858 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
LIG1P18858 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.98■■■□□ 2.23
LIG1P18858 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
LIG1P18858 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
LIG1P18858 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
LIG1P18858 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIG1P18858 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIG1P18858 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIG1P18858 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIG1P18858 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
LIG1P18858 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIG1P18858 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIG1P18858 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG1P18858 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG1P18858 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG1P18858 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG1P18858 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG1P18858 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIG1P18858 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIG1P18858 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIG1P18858 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIG1P18858 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIG1P18858 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIG1P18858 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
LIG1P18858 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
LIG1P18858 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG1P18858 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG1P18858 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG1P18858 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIG1P18858 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.6 ms