Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
COL6A3P12111 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A3P12111 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL6A3P12111 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL6A3P12111 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms