Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col1a1P11087 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Col1a1P11087 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col1a1P11087 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col1a1P11087 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col1a1P11087 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.5 ms