Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
PRPF40AO75400 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
PRPF40AO75400 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
PRPF40AO75400 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
PRPF40AO75400 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.2■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.17■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
PRPF40AO75400 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 193.6 ms