Protein–RNA interactions for Protein: A6NCS4

NKX2-6, Homeobox protein Nkx-2.6, humanhuman

Predictions only

Length 301 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-6A6NCS4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
NKX2-6A6NCS4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX2-6A6NCS4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
NKX2-6A6NCS4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NKX2-6A6NCS4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1565 ms