Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y546

LRRC42, Leucine-rich repeat-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 428 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LRRC42Q9Y546 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LRRC42Q9Y546 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LRRC42Q9Y546 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LRRC42Q9Y546 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LRRC42Q9Y546 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LRRC42Q9Y546 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LRRC42Q9Y546 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LRRC42Q9Y546 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LRRC42Q9Y546 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LRRC42Q9Y546 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LRRC42Q9Y546 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms