Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC113Q9H0I3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC113Q9H0I3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC113Q9H0I3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC113Q9H0I3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC113Q9H0I3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC113Q9H0I3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms