Protein–RNA interactions for Protein: Q9EPU0

Upf1, Regulator of nonsense transcripts 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,124 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf1Q9EPU0 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Upf1Q9EPU0 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Upf1Q9EPU0 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Upf1Q9EPU0 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Upf1Q9EPU0 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Upf1Q9EPU0 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Nenf-201ENSMUST00000046770 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Upf1Q9EPU0 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Upf1Q9EPU0 Ramp1-202ENSMUST00000165855 852 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Pde6d-203ENSMUST00000146220 879 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
Upf1Q9EPU0 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Upf1Q9EPU0 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Upf1Q9EPU0 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Upf1Q9EPU0 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Upf1Q9EPU0 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
Upf1Q9EPU0 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
Upf1Q9EPU0 AC122379.1-201ENSMUST00000220658 355 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 156.1 ms