Protein–RNA interactions for Protein: Q9DCB1

Hmgn3, High mobility group nucleosome-binding domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 99 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmgn3Q9DCB1 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Hmgn3Q9DCB1 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Hmgn3Q9DCB1 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Hmgn3Q9DCB1 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Hmgn3Q9DCB1 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Hmgn3Q9DCB1 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.2 ms