Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC43Q96MW1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC43Q96MW1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC43Q96MW1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC43Q96MW1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC43Q96MW1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC43Q96MW1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC43Q96MW1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC43Q96MW1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC43Q96MW1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC43Q96MW1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms