Protein–RNA interactions for Protein: Q86TM3

DDX53, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX53Q86TM3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
DDX53Q86TM3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
DDX53Q86TM3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
DDX53Q86TM3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
DDX53Q86TM3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
DDX53Q86TM3 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms