Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC35.04■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC35.03■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC35.03■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
USP54Q70EL1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC34.98■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.98■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.95■■■■□ 3.19
USP54Q70EL1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC34.93■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC34.92■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.89■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
USP54Q70EL1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.88■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC34.88■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC34.88■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC34.84■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC34.84■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC34.83■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.17
USP54Q70EL1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC34.81■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.8■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.79■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC34.77■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
USP54Q70EL1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC34.73■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC34.71■■■■□ 3.15
USP54Q70EL1 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7 ms