Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Usf1Q61069 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usf1Q61069 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usf1Q61069 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usf1Q61069 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usf1Q61069 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usf1Q61069 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Usf1Q61069 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Usf1Q61069 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Usf1Q61069 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Usf1Q61069 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Usf1Q61069 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Usf1Q61069 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.8 ms