Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A4P53420 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A4P53420 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A4P53420 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
COL4A4P53420 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A4P53420 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms