Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMS3P0CW19 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMS3P0CW19 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMS3P0CW19 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS3P0CW19 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms