Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
CPSF4O95639 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CPSF4O95639 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CPSF4O95639 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF4O95639 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF4O95639 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF4O95639 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CPSF4O95639 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms