Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VPS4BO75351 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS4BO75351 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS4BO75351 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99.3 ms