Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SMCO3A2RU48 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SMCO3A2RU48 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
SMCO3A2RU48 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SMCO3A2RU48 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71 ms