Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDHB3Q9Y5E6 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCDHB3Q9Y5E6 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDHB3Q9Y5E6 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PCDHB3Q9Y5E6 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms