Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NKX2-4Q9H2Z4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
NKX2-4Q9H2Z4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NKX2-4Q9H2Z4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NKX2-4Q9H2Z4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NKX2-4Q9H2Z4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms