Protein–RNA interactions for Protein: Q9BXS0

COL25A1, Collagen alpha-1(XXV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 654 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL25A1Q9BXS0 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
COL25A1Q9BXS0 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
COL25A1Q9BXS0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL25A1Q9BXS0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL25A1Q9BXS0 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL25A1Q9BXS0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL25A1Q9BXS0 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL25A1Q9BXS0 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL25A1Q9BXS0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL25A1Q9BXS0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL25A1Q9BXS0 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL25A1Q9BXS0 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL25A1Q9BXS0 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL25A1Q9BXS0 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL25A1Q9BXS0 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL25A1Q9BXS0 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms