Protein–RNA interactions for Protein: Q99801

NKX3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-1Q99801 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NKX3-1Q99801 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NKX3-1Q99801 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NKX3-1Q99801 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.6 ms