Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SKA1Q96BD8 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SKA1Q96BD8 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SKA1Q96BD8 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SKA1Q96BD8 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms