Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Ildr2-206ENSMUST00000194964 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col28a1Q2UY11 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Col28a1Q2UY11 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Col28a1Q2UY11 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Col28a1Q2UY11 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22 ms