Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ARHGEF11-206ENST00000487682 4796 ntTSL 211.41□□□□□ -0.582e-8■■■■■ 61
SF3A3Q12874 RNU2-41P-201ENST00000410991 178 ntBASIC3.08□□□□□ -1.923e-17■■■■■ 60.9
SF3A3Q12874 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.953e-8■■■■■ 60.5
SF3A3Q12874 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.483e-8■■■■■ 60.5
SF3A3Q12874 MYO1D-206ENST00000579584 3500 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.053e-8■■■■■ 60.5
SF3A3Q12874 MYO1D-202ENST00000394649 5451 ntTSL 5 BASIC14.01□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 60.5
SF3A3Q12874 PSMC1-201ENST00000261303 4448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.032e-8■■■■■ 60.4
SF3A3Q12874 PSMC1-202ENST00000543772 1389 ntTSL 2 BASIC7.94□□□□□ -1.142e-8■■■■■ 60.4
SF3A3Q12874 PSMC1-206ENST00000555787 2246 ntTSL 27.78□□□□□ -1.162e-8■■■■■ 60.4
SF3A3Q12874 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 60.4
SF3A3Q12874 CALR-206ENST00000588454 776 ntTSL 39.79□□□□□ -0.841e-6■■■■■ 60.4
SF3A3Q12874 UBE3C-204ENST00000469336 655 ntTSL 26.13□□□□□ -1.434e-10■■■■■ 60.1
SF3A3Q12874 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.368e-8■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.198e-8■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 CRLS1-205ENST00000478846 687 ntTSL 26.23□□□□□ -1.418e-8■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 CRLS1-204ENST00000464921 702 ntTSL 56.08□□□□□ -1.448e-8■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 CRLS1-206ENST00000489345 644 ntTSL 54.34□□□□□ -1.718e-8■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 CRLS1-202ENST00000378868 994 ntTSL 5 BASIC3.86□□□□□ -1.798e-8■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 BCAR1-216ENST00000564170 552 ntTSL 419.84■□□□□ 0.777e-31■■■■■ 59.9
SF3A3Q12874 SLC6A8-208ENST00000467402 308 ntTSL 59.98□□□□□ -0.811e-17■■■■■ 59.7
SF3A3Q12874 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.982e-6■■■■■ 59.6
SF3A3Q12874 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 59.6
SF3A3Q12874 NCKIPSD-203ENST00000415281 803 ntTSL 311.07□□□□□ -0.643e-6■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.686e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-216ENST00000458354 498 ntTSL 325.24■■□□□ 1.636e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.436e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.296e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.246e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.196e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.166e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-227ENST00000475172 877 ntTSL 522.15■■□□□ 1.146e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.076e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BCAP31-206ENST00000442093 793 ntTSL 220.84■□□□□ 0.936e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.96e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.876e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 WDR90-203ENST00000420061 2342 ntTSL 1 (best)20.11■□□□□ 0.812e-6■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 WDR90-216ENST00000549648 2345 ntTSL 1 (best)19.81■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-221ENST00000466074 1564 ntTSL 219.75■□□□□ 0.756e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 SYNE3-204ENST00000555759 5493 ntTSL 219.32■□□□□ 0.686e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.676e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.626e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BCAP31-204ENST00000429550 684 ntTSL 318.78■□□□□ 0.66e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BTBD19-202ENST00000439563 941 ntTSL 218.64■□□□□ 0.576e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.576e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-224ENST00000472324 2143 ntTSL 1 (best)18.47■□□□□ 0.556e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.536e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 RRP1-202ENST00000471909 2544 ntTSL 1 (best)18.3■□□□□ 0.526e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.526e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BTBD19-205ENST00000475105 505 ntTSL 418.18■□□□□ 0.56e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.496e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-231ENST00000488994 1437 ntTSL 217.89■□□□□ 0.466e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.456e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.436e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.376e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-208ENST00000422811 771 ntTSL 317.18■□□□□ 0.346e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-221ENST00000521830 580 ntTSL 417.13■□□□□ 0.336e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.336e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-213ENST00000491376 748 ntTSL 417.13■□□□□ 0.336e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-209ENST00000473463 590 ntTSL 217.13■□□□□ 0.336e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-209ENST00000423545 448 ntTSL 417.03■□□□□ 0.326e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.326e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.316e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.316e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.36e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 MIB2-206ENST00000467597 776 ntTSL 216.78■□□□□ 0.286e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.276e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.276e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-218ENST00000462280 704 ntTSL 316.72■□□□□ 0.276e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.266e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.246e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 BCAP31-202ENST00000416815 688 ntTSL 516.54■□□□□ 0.246e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 AACS-212ENST00000545511 6646 ntTSL 1 (best)16.54■□□□□ 0.246e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.236e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-211ENST00000520136 468 ntTSL 316.34■□□□□ 0.216e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.216e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-215ENST00000496487 544 ntTSL 416.33■□□□□ 0.26e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.26e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.26e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 RRP1-201ENST00000467112 3019 ntTSL 1 (best)16.23■□□□□ 0.196e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ORC6-202ENST00000563306 1190 ntTSL 216.18■□□□□ 0.186e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.186e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-218ENST00000521330 556 ntTSL 416.07■□□□□ 0.166e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 KIF7-201ENST00000394412 4551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.156e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-224ENST00000522577 702 ntTSL 315.92■□□□□ 0.146e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-207ENST00000419804 561 ntTSL 415.86■□□□□ 0.136e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 FTSJ1-206ENST00000473235 688 ntTSL 515.79■□□□□ 0.126e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 FTSJ1-211ENST00000490202 965 ntTSL 515.79■□□□□ 0.126e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-210ENST00000520118 533 ntTSL 415.65■□□□□ 0.16e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-208ENST00000519117 617 ntTSL 315.65■□□□□ 0.16e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-206ENST00000518901 2549 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.096e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-204ENST00000419067 2431 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.096e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-230ENST00000488168 976 ntTSL 315.6■□□□□ 0.096e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 FTSJ1-212ENST00000492562 610 ntTSL 315.57■□□□□ 0.086e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-212ENST00000434652 311 ntTSL 515.43■□□□□ 0.066e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-206ENST00000418241 566 ntTSL 315.43■□□□□ 0.066e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-220ENST00000465303 868 ntTSL 415.41■□□□□ 0.066e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 IMPDH1-207ENST00000469328 2295 ntTSL 515.17■□□□□ 0.026e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 ENDOV-223ENST00000522200 855 ntTSL 315.12■□□□□ 0.016e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 SYNE3-201ENST00000334258 3275 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.016e-9■■■■■ 59.3
SF3A3Q12874 PNCK-222ENST00000466638 1204 ntTSL 214.94□□□□□ -0.026e-9■■■■■ 59.3
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