Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG3P49916 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG3P49916 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG3P49916 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG3P49916 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG3P49916 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG3P49916 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG3P49916 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG3P49916 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG3P49916 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG3P49916 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG3P49916 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG3P49916 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG3P49916 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG3P49916 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG3P49916 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG3P49916 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG3P49916 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG3P49916 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG3P49916 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG3P49916 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG3P49916 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG3P49916 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG3P49916 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG3P49916 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG3P49916 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG3P49916 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG3P49916 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG3P49916 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG3P49916 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG3P49916 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG3P49916 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG3P49916 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG3P49916 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG3P49916 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIG3P49916 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIG3P49916 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG3P49916 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG3P49916 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG3P49916 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG3P49916 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG3P49916 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG3P49916 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG3P49916 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG3P49916 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG3P49916 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG3P49916 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG3P49916 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG3P49916 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIG3P49916 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG3P49916 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG3P49916 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG3P49916 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIG3P49916 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIG3P49916 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIG3P49916 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIG3P49916 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIG3P49916 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIG3P49916 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG3P49916 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG3P49916 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG3P49916 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG3P49916 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIG3P49916 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIG3P49916 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIG3P49916 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIG3P49916 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG3P49916 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG3P49916 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG3P49916 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG3P49916 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIG3P49916 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG3P49916 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG3P49916 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIG3P49916 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG3P49916 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIG3P49916 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG3P49916 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG3P49916 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG3P49916 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIG3P49916 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.84
LIG3P49916 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG3P49916 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG3P49916 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG3P49916 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG3P49916 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG3P49916 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIG3P49916 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 163.9 ms