Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXA1P49639 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXA1P49639 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXA1P49639 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA1P49639 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms