Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPL28P46779 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPL28P46779 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPL28P46779 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
RPL28P46779 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPL28P46779 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPL28P46779 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
RPL28P46779 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
RPL28P46779 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPL28P46779 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPL28P46779 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPL28P46779 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPL28P46779 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPL28P46779 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
RPL28P46779 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
RPL28P46779 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPL28P46779 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPL28P46779 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
RPL28P46779 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
RPL28P46779 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPL28P46779 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPL28P46779 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPL28P46779 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPL28P46779 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
RPL28P46779 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPL28P46779 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPL28P46779 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPL28P46779 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPL28P46779 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPL28P46779 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPL28P46779 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
RPL28P46779 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPL28P46779 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPL28P46779 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPL28P46779 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPL28P46779 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPL28P46779 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
RPL28P46779 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPL28P46779 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPL28P46779 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPL28P46779 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPL28P46779 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPL28P46779 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPL28P46779 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPL28P46779 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPL28P46779 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPL28P46779 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPL28P46779 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPL28P46779 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPL28P46779 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPL28P46779 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPL28P46779 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPL28P46779 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPL28P46779 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPL28P46779 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPL28P46779 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPL28P46779 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPL28P46779 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPL28P46779 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPL28P46779 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPL28P46779 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPL28P46779 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPL28P46779 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPL28P46779 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
RPL28P46779 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPL28P46779 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPL28P46779 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPL28P46779 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
RPL28P46779 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
RPL28P46779 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
RPL28P46779 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms